Em 1º de agosto de 1920 o Paysandu inaugurava sua sede náutica, localizado no largo do Carmo nº1, Bairro da Cidade Velha, onde até hoje permanece.
Nessa data batizou-se a 1º embarcação do clube denominada "Paysandu", servindo de padrinho o menino Lauro, filho do então presidente do clube, Benjamin de Almeida Sodré.
Atualmente a sede é composta de:
- Área administrativa,
- Tanque para treinamentos,
- Oficina para manutenção de barcos,
- Academia de ginástica,
- Cozinha.
Em Belém, o Paysandu é o único clube que possui tanque para treinamento de esporte náutico.